به رغم فاصله سازمان از روحانیت به لحاظ فکری ،منافقین تلاش می کردند تا از وجهه روحانیون و نفوذ آنان و حتی شخص امام (آیت الله خمینی) که موقعیت ممتازی در میان انقلابیون و عامه مردم مبارز داشت ، استفاده کنند .

در این زمینه سازمان فعالیت ویژه ای را آغاز کرد که بتواند از امام برای خود تأییدیه ای بگیرد . اما پیش از آن که در این اندیشه بیفتد ، سازمان با مشکلی که در جریان هواپیما ربایی خود به بغداد پیدا کرد ، نیازمند بهره گیری از نفوذ امام (آیت الله خمینی) در عراق شد.

با زندانی شدن افراد سازمان ، نماینده ای از طرف آنان نزد امام (آیت الله خمینی) رفت تا از ایشان بخواهد برای آزادی آنان وساطت کند که امام (آیت الله خمینی) نپذیرفت . این شخص تراب حقشناس بود که سالها در عراق و سوریه برای سازمان کار می کرد .

به هر روی آن ماجرا با کمک فلسطینی ها خاتمه یافت و پس از آن سازمان به فکر آن افتاد تا با معرفی مرام خود به امام (آیت الله خمینی) ، ایشان را به تأیید سازمان بکشاند . در این باره از هر وسیله ممکن استفاده شد .

نخست استفاده از روحانیون ایران و نامه ها و پیامهایی آنان برای امام (آیت الله خمینی) ارسال کردند . علاوه بر آن سازمان مأمور ویژه ای را مسؤول این کار کرد . این شخص حسین روحانی از کادرهای اصلی سازمان و مؤلف کتاب " شناخت " بود .

هر دو نفر بعدها در جریان ارتداد داخلی سازمان مارکسیست شدند و در سال 57 سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر ، یعنی خشن ترین سازمان کمونیستی در ایران پس از انقلاب اسلامی را بنیانگذاری کردند .

در سال 59 این دو نفر مصاحبه ای مفصل با نشریه خود کرده اطلاعاتی را درباره روابطشان با امام (آیت الله خمینی) در نجف منتشر کردند . از آنجا که اطلاعات این افراد برای شناخت ماهیت اندیشگی سازمان اهمیت دارد ، و در عین حال سرسختی امام (آیت الله خمینی) را ، آن هم در اوج مبارزه با شاه و نیازش به جوانان و نیروی آنان در برابر انحرافات نشان می دهد، مروری بر این مطالب خواهیم داشت : طبعاْ صحت و سقم برخی از این اظهارات باید با اظهارات کسانی که طرف آنان بوده اند مقایسه شود :

روحانی و حق شناس در پیکار( ش 67) با اشاره به مصاحبه محمد منتظری که به مجاهدین و التقاطی بودن آنان حمله کرده بود ، به بیان همکاری برخی از روحانیون نجف با منافقین در آن سالها اشاره کرده اند .

از جمله به حجت السلام دعایی که سمپات نیرومند آنان در نجف بوده و حتی کارهای خود را در این زمینه از آیت الله خمینی مخفی می کرده است .( ش 68 ، ص 9) .

در آنجا همچنین آمده است که تراب حق شناس سه سال در قم تحصیل کرده (37 _ 1339) ومدتی هم در نجف در مدرسه سید محمد کاظم یزدی برای چند نفر از طلاب از جمله آقای دعایی درس تفسیر قرآن و نهج البلاغه می گفته است .( پیکار 68،ص9) .

حق شناس می گوید که در سال 1344 هم مدتی با مرحوم مطهری مراوده داشته و حتی کتاب " علل گرایش به مادی گری " را برای ایشان ویرایش و غلط گیری کرده است .( همان ، ص 15) .

وی همچنین اظهار می دارد : کتاب " شناخت منافقین " را آقای دعایی در نجف چاپ کرده و هزینه آن را خودش پرداخته است .( ش 69 ، ص 14) .

حسین روحانی نیز در پیکار (ش70 ،ص 7 ، 12 ) و ( ش 72 ، ص 10 ) مطالبی در ارتباط بامسائل نجف و برخورد منافقین با امام (آیت الله خمینی) آورده است .

همچنین در ( ش 76، ص 16) پاسخ امام (آیت الله خمینی) در مقابل نامه آیت الله طالقانی برای نجات منافقین که با هواپیما به عراق رفته بودند را آورده و اظهار می دارد که امام (آیت الله خمینی) دو مطلب را گفت :

نخست آن که اگر من وساطت کنم وضع بدتر می شود و دوم آنکه قصد آن را ندارم تا از بعثی ها درخواستی بکنم .

همچنین تراب حق شناس میگوید که نامه مفصل هاشمی رفسنجانی را به امام (آیت الله خمینی) درباره مجاهدین ، من به عراق بردم .( ش 77 ، ص 13) حق شناس می افزاید : آقای مطهری هم سفارش کرده بود .( ش 77،ص 13) همین طور مجدالدین محلاتی هم نامه ای در حمایت از منافقین به امام (آیت الله خمینی) نوشت ( همانجا ) حقشناس می افزاید: " آیت الله خمینی هیچ جواب مثبتی به آن نامه ها نداد ". پیکار ( ش 77 ، ص 13)

حق شناس می افزاید : آقای منتظری هم نامه ای درباره حمایت مجاهدین نوشت . متن این نامه و تصویر آن در پیکار ( ش77، ص 14) آمده است ؛ اما متن نامه :

پس از تقدیم سلام و تحیت به عرض عالی می رساند ، چنانکه اطلاع دارید عده زیادی از جوان های مسلمان و متدین گرفتارند و عده ای از آنان در معرض خطر اعدام قرار گرفته اند .

تصلب آنان نسبت به شعائر اسلامی و اطلاعات وسیع و عمیق آنان بر احکام و معتقدات مذهبی معروف و مورد توجه همه آقایان روحانیون واقع شده . از مراجع و جمعی از علمای بلاد اقداماتی برای تلخیص آنان کرده اند و چیزهایی نوشته شده . بجا و لازم است از طرف حضرتعالی نیز در تأیید و تقویت و حفظ دماء آنان چیزی منتشر شود .

این معنا در شرایط فعلی ضرورت دارد ؛ چون مخالفین سعی می کنند آنان را منحرف قلمداد کنند . البته کیفیت آن بسته به نظر حضرتعالی است .

تراب حق شناس می گوید در بهمن 50 جلسات مرتبی با آیت الله خمینی درباره سازمان منافقین داشتیم .( ش 77). حسین روحانی نماینده دیگر منافقین در عراق هم در پیکار ( ش 78،ص 13، 15، 79) مطلبی گفته و در ( ص 16) می گوید مجموعه جلسات تقریباْ ده ساعت می شد .

ما تک تک دیدگاههایمان را می گفتیم و ایشان در آخر نظرش را می گفت . آخرین جمله ای که آیت الله خمینی به من گفت این بود : آقا این مطلب را پیش خودتان داشته باشید ، واقع امر این است که من اعتقادی به مبارزه مسلحانه ندارم ( ش80، ص17) پس از آن هم به اختلاف نظر مجاهدین با ایشان درباره تکامل و معاد اشاره کرده است .

حسین روحانی پس از انقلاب اعتراف کرد که از طرف سازمان به نجف رفته و طی هفت جلسه با امام (آیت الله خمینی) گفتگو کرده است .وی دو کتاب " راه امام حسین " و " راه انبیاء ، راه بشر " را به امام (آیت الله خمینی) داده است .

وی توضیح می دهد که امام (آیت الله خمینی) تحلیل ما را از معاد یک تحلیل مادی قلمداد کرد . مورد دوم بحث تکامل بود که ما به تکامل انواع داروینی اعتقاد داشتیم که امام (آیت الله خمینی) آن را مخالف احکام قرآنی برشمرد .

همچنین وی می گوید که امام (آیت الله خمینی) صریحاْ گفت که من با جنگ مسلحانه مخالفم . امام (آیت الله خمینی) به وی تأکید می کند که من درباره ایدئولوژی شما باید از روحانیون ایران مانند مطهری ، طالقانی ، منتظری و رفسنجانی تحقیق کنم .

شگفت آن که آقای سید محمود دعایی که خود در نجف بوده تلاش فراوانی کرده است که تا نظر امام (آیت الله خمینی) را نسبت به مجاهدین مساعد کند ، اما در این کار توفیقی حاصل نکرده است.